本发明涉及禽畜养殖领域,提供一种禽畜粪便的异位处理方法以及其应用到的复合微生物和异位发酵床垫料。将包括粪产碱菌剂、硝化除氮菌剂、硫化细菌剂、耐冷菌剂、嗜热菌剂、纤维素分解菌剂、芽孢杆菌剂和放线菌剂的复合微生物与垫料混合,制成异位发酵床垫料。将水清粪喷淋到异位发酵床垫料上,并对异位发酵床垫料进行抛翻,每日重复上述步骤,连续运行3个月以上,即可得到优质有机肥。运用本发明所述禽畜分别的异位处理方法,可以实现禽畜粪便有效处理和有机肥制备的双重目的,所得有机肥品质高,有效实现了禽畜粪便的循环利用并间接降低处理成本。